Damit man möglichst lange Freude an seiner Kaffeemaschine hat, ist eine gründliche Reinigung der Maschine in regelmäßigen Abständen unabdingbar. Dies dient nicht nur zur Erhaltung der Maschine sondern verbessert auch wieder den Geschmack des Kaffees. Viele Kaffeevollautomaten besitzen ein automatisches Entkalkungsprogramm oder eine automatische Reinigung nach jeder Benutzung, jedoch benötigt jede Maschine von Zeit zu Zeit eine gründliche Tiefenreinigung. Bei einfachen Filtermaschinen ist dies eher simpel, da man die Maschine nicht auseinander nehmen braucht, sondern einfach spezielle Reinigungstabletten verwendet. Vollautomaten benötigen hier jedoch mehr Aufmerksamkeit. In den Benutzerhandbüchern der einzelnen Maschinen findet man eine genaue Anleitung der Reinignung, bei der man Einzelteile wie die Brühgruppe separat reinigen muss. Welche Mittel zur Reinigung und Pflege empfehlenswert sind, weiß am besten der Hersteller. Oft bieten auch die Hersteller selber Reinigungstabletten und ähnliches an.